Namun usia Kotagede sebagai pusat pemerintahan Negara Kesatuan Kerajaan Mataram (NKKM) hanya bertahan selama 31 tahun. Cucu Senopati, yang mulanya juga bergelar Panembahan Agung Hanyakrakusuma memutuskan memindahkan ibu kota pada 1618. Lokasinya di daerah Kerta, Pleret, Bantul. Sekitar 5 kilometer arah selatan Kotagede.
Ketika hendak meninggalkan Kotagede, Panembahan Agung memutuskan menyempurnakan masjid peninggalan sang kakek. Momentumnya berbarengan dengan kenaikan takhtanya pada 1613.
Setelah tidak lagi berkedudukan sebagai ibu kota negara Mataram, Kotagede praktis menjadi tempat suci bagi raja-raja Mataram. Di tempat inilah para leluhurnya dimakamkan. Masjid dan makam Kotagede tetap terpelihara. Dalam kurun waktu-waktu tertentu, keturunan Senopati secara rutin berziarah.
Masjid Kotagede mengalami renovasi besar-besaran di masa Susuhunan Paku Buwono (PB) X. Ini terjadi ratusan tahun usai Mataram terbelah menjadi Surakarta dan Yogyakarta lewat Perjanjian Giyanti 13 Februari 1755.
Raja Kasunanan Surakarta mengadakan pembangunan dari bagian depan dengan menambah kolam yang mengelilingi masjid. Ada sebuah prasasti PB X bertuliskan 1926 di halaman masjid. Di masa PB X itu juga memugar bangunan kompleks makam raja-raja Mataram di Kotagede.
Di antaranya dengan membangun pagar tembok permanen yang dapat kita saksikan sampai saat ini. Jejak raja yang semasa muda bernama Raden Mas (RM) Gusti Malikul Kusno itu terlihat dengan adanya tetenger dua prasasti tugu jam di seberang barat Pasar Kotagede dan di halaman Masjid Kotagede. Sayang sejak beberapa tahun lalu, jam maupun makutha (mahkota, Red) dari tugu ngejaman di barat Pasar Kotagede telah hilang.
Renovasi masjid dan makam dilakukan PB X karena pada masa itu Kotagede merupakan wilayah Surakarta. Lokasinya berada di Dusun Sayangan, Jagalan, Banguntapan, Bantul. Sebelum menjadi Kapanewon Banguntapan, daerah tersebut bernama Kapanewon Kotagede Surakarta di bawah Kabupaten Klaten.
Kapanewon Kotagede Surakarta masuk DIY melalui UU Darurat RI No. 5 Tahun 1957 tentang Pengubahan Kedudukan Wilayah Daerah-Daerah Enclave Imogiri, Kotagede dan Ngawen. Kemudian UU Darurat tersebut ditetapkan dengan UU No. 14 Tahun 1958. Daerah Ngawen merupakan enclave Mangkunegaran yang sekarang masuk Kabupaten Gunungkidul.
Selanjutnya dikeluarkan Perda DIY No. 1 Tahun 1958 tentang Perubahan Batas dan Nama Kapanewon-Kapanewon Imogori, Gondowulung, dan Kotagede Dalam Kabupaten Bantul. Kapanewon Kotagede Surakarta, antara lain, meliputi Kalurahan Jagalan dan Singosaren yang sekarang masuk administrasi Kapanewom Banguntapan. Masjid dan makam Kotagede ada di Kalurahan Jagalan.
Meski masuk wilayah Kasunanan, pengelolaan masjid serta makam Kotagede dilakukan bersama-sama antara Kasunanan Surakarta dan Kasultanan Ngayogyakarta. Kedua kerajaan penerus Dinasti Mataram itu menempatkan abdi dalem dan juru kunci di masjid serta makam leluhur mereka.
Masjid Kotagede terdiri atas beberapa bagian. Antara lain, ruangan utama yang memiliki enam buah pintu. Tiga buah menghubungkan ruang serambi depan (pintu asli di tengah) dua buah dengan serambi samping kanan (pintu asli di kanan atau timur) dan satu buah pintu menghubungkan dengan pawestren (pintu baru).
Serambi depan berada di sebelah timur. Perluasan serambi dilakukan Keraton Surakarta pada 1796 untuk menampung para jemaah yang terus bertambah. Atap serambi berbentuk limasan dan disangga beberapa tiang kayu. Sebuah bedug terletak di barat daya serambi ini.
Emperan serambi di sekeliling serambi depan dibangun pada 1856 oleh Keraton Surakarta. Emperan ini disangga tiang besi. Pawestren terletak di kiri ruang utama. Serambi samping kanan serambi ini memiliki atap kampung.
Pagar satu merupakan bagian keluar dari bangunan masjid Kotagede bagian depan. Pagar ini memiliki lima buah pintu masuk dan sebuah pintu utama dari sebelah depan. Bangsal utara dan bangsal selatan berada di depan kanan dan kiri bangunan masjid. Bangsal ini tidak berdinding. Atapnya disangga oleh empat tiang jati.
Pagar dua merupakan pembatas kompleks Masjid Makam Kotagede dengan wilayah sekitarnya. Pagar ini terbuat dari batu bata yang tidak diplester. Pagar ini memiliki gapura sebanyak tiga buah ukuran 3 m x panjang 4,50 m x tinggi 7,25 m.
Renovasi yang dilakukan Sultan Agung hanya berupa bangunan inti masjid. Ukurannya kecil sehingga saat itu disebut langgar. Tahap kedua dibangun PB X. Perbedaan bagian masjid yang dibangun Sultan Agung dan PB X ada pada tiangnya. Bagian yang dibangun Sultan Agung tiangnya berbahan kayu. Sedangkan yang dibangun PB X tiangnya berbahan besi. (laz) Editor : Editor Content